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Para atender às necessidades do processo definido para a Tree Tools, o Tree Tools Process estabelece dois processos adicionais ao modelo de ciclo de vida estabelecido pelo RUP, inserindo um processo de Negociação, que busca garantir o entendimento do escopo e obter o aceite junto ao cliente e outro processo de Encerramento que busca atestar a correta entrega e satisfação do cliente.
No processo, o final de cada fase é marcado por um marco (Milestone), que caracteriza a conclusão e entrega de um conjunto de artefatos pertencentes à fase ora concluída. Esses artefatos buscam ampliar o nível de certeza do projeto, uma vez que os artefatos tornam-se concretos e passíveis de monitoração, a medida que cada fase é controlada e aprovada.
Um projeto só é dito que mudou de fase quando os seus artefatos são revisados, verificados e validados.
Na figura abaixo, pode-se observar o ciclo de vida para os projetos da Tree Tools e também o relacionamento das atividades indiretas e necessárias à completude do processo, como os processos de gerenciamento de requisitos e de monitoramento.

A fase de negociação marca o início dos trabalhos de um novo projeto a partir de uma solicitação do cliente. A meta nessa fase é atingir o consenso entre todos os envolvidos sobre os objetivos do projeto. Nessa fase devem ser identificados os riscos de negócios e de requisitos que precisam ser tratados para que o projeto possa prosseguir.
A fase de iniciação marca o início dos trabalhos técnicos de um novo projeto a partir de uma solicitação e de uma proposta aprovada pelo cliente. Nessa fase são gerados e aprovados os artefatos de planejamento do projeto, como o plano do projeto e cronograma, entre outros.
A meta da fase de elaboração é criar a baseline para a arquitetura do sistema a fim de fornecer uma base estável para o esforço da fase de construção. A fase de elaboração busca complementar o levantamento / documentação dos casos de uso, voltado para a arquitetura do sistema.
A meta da fase de construção é esclarecer os requisitos restantes e concluir o desenvolvimento do sistema com base na baseline definida. A fase de construção é de certa forma um processo de manufatura, em que a ênfase está no gerenciamento de recursos e controle de operações para otimizar custos, programações e qualidade. Nesse sentido, a mentalidade do gerenciamento passa por uma transição do desenvolvimento da propriedade intelectual durante a iniciação e elaboração, para o desenvolvimento dos produtos que podem ser implantados durante a construção e transição.
A fase de transição é marcada pela entrega do sistema ao cliente para uso em produção. A partir desta fase, o sistema já está pronto, e começa a implantação do sistema para o usuário. Nesta fase pode ser utilizado o lançamento de versões beta, operação paralela com o sistema legado, treinamento dos usuários e mantenedores do sistema, etc. Também é nessa fase que ocorre o encerramento do projeto.
A fase de encerramento se inicia após o aceite formal do cliente. São gerados documentos de encerramento do projeto, indicadores, lições aprendidas e reunião de fechamento com a equipe. Nesta fase inicia-se a atividade de acompanhamento da operação (operação assistida) e o período de garantia do produto. Na RUP, as atividades desta fase são realizadas na fase de Transição.